건축학전공 대학원 과정에서는 총 11개 연구실로 구성된다. 먼저 역사 및 이론 분야(석,박사과정)는 건축사연구실, 건축도시이론연구실, 역사도시건축연구실로 구성되며, 건축역사, 건축과 도시 이론, 신한옥기술, 건축역사문헌 및 아카이빙 등을 다룬다. 또한 역사도시와 문화유산, 세계유산 등에 대한 깊이 있는 연구를 수행한다. 다음으로는 도시 및 건축계획분야로 도시보존 및 설계, 마을공동체 기획 등의 부문에서 특화된 연구를 수행하고 있는 도시건축보존계획연구실, 건물의 공간조직 분석을 연구하는 공간사회연구실, 그리고 공간분석, 건축계획, 도시설계 분야 연구를 수행하는 건축도시공간연구실로 나뉜다. 마지막으로 설계분야는 건축계획 및 설계, 건축이론 및 비평 부문의 심층 연구를 수행하며 다섯 명의 설계연구실이 한 공간을 통합운영한다.